W gabinetach stomatologicznych najczęściej wypisywanymi lekami na receptę są antybiotyki i leki przeciwzapalne. Jama ustna stanowi stanowi siedlisko bardzo zróżnicowanej, bogatej flory bakteryjnej. W obszarze tym mogą rozwijać się m.in. stany zapalne często związane z bakteryjnym zakażeniem zębopochodnym, gdzie punktem wyjścia może być martwa miazga zęba lub też zainfekowane tkanki przyzębia. Proces zapalny może mieć dużą dynamikę szczególnie jeżeli dotyczy osób o obniżonej odporności ogólnej.
Najczęstszą drogą szerzenia jest ciągłość przez otaczające tkanki, przestrzenie anatomiczne oraz krew co może doprowadzić do uogólnionego zakażenia organizmu. Niezmiernie istotnym jest wprowadzenie jak najszybciej odpowiedniego leczenia przyczynowego, co w przypadku zęba może być jego otwarcie (trepanacja), lecznie kanałowe, nacięcie ropnia bądź też ekstrakcja. Jeżeli występują ostre stany zapalne takie jak ból, obrzęk, wysoka temperatura, powiększenie okolicznych węzłów chłonnych to należy rozważyć antybiotykoterapię i leczenie przeciwzapalne.
W chirurgii stomatologicznej często przepisywane są antybiotyki jako pomoc w ciężkich zabiegach chirurgicznych, leczeniu stanów zapalnych, oraz zapobieganiu infekcjom ogólnoustrojowym.
Istnieje grupa pacjentów, gdzie poza wskazaniami leczniczymi do podania antybiotyku istnieją wskazania do ich podania jako profilaktyka przed zabiegiem chirurgicznym.
Najczęstszym antybiotykiem stosowanym w chirurgii stomatologicznej jest amoksycylina bądź też Clindamycyna lub Lincomycyna w przypadkach rekacji uczuleniowej na ten pierwszy.
U osób ogólnie zdrowych zabieg prostej ekstrakcji nie jest wskazaniem do podania antybiotyków.
W obecnych czasach stosowanie antybiotykoterapii jest mocno nadużywane co prowadzi do powstania odporności bakterii na antybiotyki dlatego też należy pamiętać, że leki muszą być stosowane wg ściśle określonych wskazań.